為了實現自然通風，人們可以在溫室側墻或屋頂上設置窗戶。一般地，溫室側窗有利于增加溫室周邊的通風，但開啟面積有限。而溫室天窗的開啟面積則要大得多，且熱空氣上行，所以溫室天窗能更有效地增加整個溫室的通風能力，有利于促進整個溫室均勻降溫。

 隨著單體溫室面積的不斷擴大，對于提高溫室通風能力，天窗比側窗效果要好得多。借助開窗系統，溫室側窗和天窗可以根據需要開啟或關閉。溫室側窗通常為連續窗，如果溫室覆蓋了玻璃、PC板等比較堅硬的材料，則采用連續齒輪齒條系統驅動；如果是薄膜等軟材料，則可采用卷膜開窗系統。還有一個選擇是使用充氣保利窗，即通過氣囊充氣或放氣，實現保利窗的閉合和開啟。溫室天窗可以設計成沿溫室屋脊連續開啟或者斷續開啟。如果是連續天窗，則用連續齒輪齒條系統驅動，每個天窗使用一套連續齒輪齒條系統。多個連續天窗也可用分動式齒輪齒條系統同時啟閉，即開窗軸上的扭矩分配器與渦輪蝸桿減速器輸入軸相連，一個渦輪蝸桿減速器驅動一個天窗。當天窗材料為薄膜時，也可采用卷膜開窗系統；如果是斷續天窗，可從桁架式齒輪齒條系統、搖擺式齒輪齒條系統、立柱固定式齒輪齒條系統中任選一種驅動系統。其中桁架式齒輪齒條系統最為常見，搖擺式齒輪齒條系統應用很少，而立柱固定式齒輪齒條系統只是將桁架式齒輪齒條系統中驅動軸和齒輪移到了溫室天溝下面，減少了開窗系統對入射光的遮擋，這是開窗系統的一種發展趨勢。

  溫室強制通風系統通常采用低壓大流量軸流風機或者環流風扇。低壓大流量軸流風機主要用來向溫室內吹風，或者往溫室外抽風。往溫室外抽風可以避免氣流對溫室內植物的損害，且溫室外空氣將通過溫室各處縫隙向溫室內補充，有利于在溫室內形成一個均勻、風速適中的空氣流場，故應用要廣泛得多。環流風扇是一種較小流量的軸流風機，多用于促進溫室內空氣的流動，有利于溫室內溫度、濕度的均勻，促進植物葉面水分的蒸發。當溫室尺寸超出低壓大流量軸流風機的有效工作距離時，可將環流風扇作為接力風機使用，以確保強制通風的效果。

  比較而言，自然通風耗能少、噪音低，通風均勻，但通風能力受溫室周邊氣流、溫室內外溫差等因素影響，波動較大。強制通風要消耗大量電能，風機運行時機械噪音和風噪較大，其優點是通風能力較強、通風時間可控。因此，如果溫室對通風要求不高，可考慮采用自然通風。反之，應采用強制通風。